水污染使水生生物遭受危害，影响渔业生产，危害水生态系统。

石油污染的影响

 水体受到轻度石油污染时，鱼所分泌的粘液可将身上的油除去，但重污染时就无法除去。油和油膜粘附在鱼鳃的表皮细胞上，影响鱼类的正常呼吸。油和油膜也可覆盖藻类及其他，破坏藻类的叶绿素，降低其光合能力，使有些浮游生物死亡。油类还能污染底质,影响底栖生物繁殖,甚至使之死亡。油类被鱼吞食或经鳃吸入后，可使鱼肉带有怪味，失去食用价值。石油污染严重时，油膜覆盖水面，阻碍水体的复氧作用，造成水体严重缺氧，影响浮游植物的光合作用，降低水生态系统的初级生物生产力；水生动物也不能顺利地从水中吸进氧气和排出二氧化碳；水体底部有机物的生物分解作用也会受到影响。另外，石油污染还能导致回游鱼类无法溯河产卵，破坏鱼类资源。

化学物质污染的影响

人工合成的化合物种类繁多，数量巨大，污染范围日益扩大，已从局部污染扩展到全球性污染。如南极洲的企鹅、北极的白熊和苔原地带的驯鹿，从其体内都可检出农药。有机氯农药因溶于脂肪，易在动物组织中积累，通过，又在各中逐级,给水生生物和水鸟带来危害。如DDT和多氯联苯曾使爱尔兰海区近10万只海鸟死亡。
生活污水、工业废水和农田排水把大量氮、磷化合物等带入水体，会引起水体，使水生动物的生存受到威胁，甚至死亡。

放射性物质(锶(铯等污染水体，由于它们的半衰期长，化学性质又与组成生物体的重要元素钙和钾相似，因此鱼的鳞片和骨胳以及水草等均能吸收其他如(磷也能被鱼吸收并积累于鳞片和骨胳中, 使鱼体所受辐射剂量增加。饲养鱼类受X 射线照射，其性腺会受破坏，引起雄鱼睾丸中的初级精母细胞损伤，细胞核破坏，雌鱼卵巢中的初级卵母细胞性成熟大大延迟,造成生殖力减退。在(铀的慢性作用下,有的雌鱼卵巢退化，呈中性现象。

热污染的影响

向水体排放废热水或其他“废热”，使水温升高，溶解氧减少，影响水生生物的生活和生存。一般淡水水温超过32℃时，水生生物的种群、群落结构就要发生剧烈变化，很多种类消失。20℃的河流中为优势种，30℃时绿藻就成为优势种，35～40℃时蓝藻就大量繁殖起来。一般水温增加5℃左右,鱼类的生存即受到威胁，甚至使鱼死亡。