长江江豚数量的减少，根本的原因就是人类的活动，这也是整个长江流域生态破坏的罪魁祸首，大量的污水直排长江、采砂船密布江面、黄金水道的航运压力、兴建各种水利工程、重工业在长江沿岸密集、滥捕滥捞……这些都导致了长江江豚逐渐丧失它们曾经生活的乐园，最终走向消亡，就像此前的白鳍豚以及很多珍稀鱼类的灭亡过程一样。
工业污水直排长江，污染事故频发

白鳍豚的灭亡、江豚的锐减与长江水质污染有直接关系。2006年8月第二届长江论坛上，一份长江“体检”报告出炉。《报告》指出，长江面临水资源、水灾害、水环境和水生态四大问题以及流域资源环境与经济协调发展问题的困扰——沿江的重工业所占比重由1990年的47%增加到2005年的63%。

2000-2005年五年间，流域废水、废气和固体废弃物的排放量分别增长了136%、85%和49%；2005年流域“三废”排放量占全国比重已分别达到42%、30%和27%，环境负载远远高于全国平均水平，导致环境质量严重恶化；2004年长江水系中Ⅳ～Ⅴ类和劣Ⅴ类水质的断面比例已达18.3%和9.6%，全流域均成酸雨频发区，南方二氧化硫(SO2)浓度最高的城市中有1/3以上集中在长江沿江地区。另据《报告》，长江干流存在岸边污染带累计长达600多公里，90%以上的湖泊呈不同程度的富营养化。大量污水未经处理直接排入长江，2005年这个数字近300亿吨。2004年2月沱江上游的四川化工集团违法排放高浓度氨氮废水，导致大量鱼类死亡；几个月后又一场污染事故导致大渡河大范围鱼类死亡绝迹，并毒死了重达30公斤的罕见胭脂鱼。曾有专家说，长江沿岸的城市都在学上海，把好水取走，把污水排进长江。现在的长江就像装满了一颗颗定时炸弹的雷区。

长江水利建设破坏生态平衡

三峡流域的水利建设是威胁鱼类生存另一个重要原因。三峡大坝对泄洪和发电的贡献有目共睹，但是它的存在客观上的确导致了长江生态系统的破坏。水利部科技司前司长、全球水伙伴组织中国区主席董哲仁曾发表文章反思大坝对生态的破坏，他曾在长江论坛上直言不讳地批评长江上游水电开发无序，“对生态保护是在敷衍，没有考虑到要把一个生态多样性的长江留给子孙后代”。他举了更为直接的一个例子，1965年他前往岷江支流做毕业论文设计，那里刚建成一个引水式水电站，生态还处于原始状态。但2001年当他再次来到这里，看到的情况已面目全非：河水被水电站引走，十多公里断流，植被消亡岩石裸露。据统计目前长江流域已建成水库4.57万座，加上在建的大中型水库，总库容将超过2113亿立方米；已建和在建的水电站在2001年底达2441座。有调查显示，每年5-8月，当长江水温升高到18℃以上，如恰逢发生洪水时，长江的“四大家鱼”(青鱼、草鱼、鲢鱼和鳙鱼)便会集中在重庆至江西彭泽的38处产卵场进行繁殖，产卵往往在涨水第一天开始，在江水不再上涨或涨幅很小时终止。三峡水库的建成，淹没了十几个这样的产卵场，并且使大坝下游的家鱼产卵期推迟了20天。长江三种鲟类的命运就是见证：达氏鲟处于极危状态，白鲟被逼到了灭绝边缘，而中华鲟作为一种大范围迁徙的物种，从海洋进入长江，上溯3000多公里来到金沙江产卵的通道被葛洲坝水利工程截断。

人类活动加速水生动物灭绝

人类活动对江豚的生活存在着严重的威胁。十几年前，鄱阳湖里的江豚有着这样的生活规律：早上从湖里出发，畅游30-50公里后进入长江干流，当夜幕降临的时候，它们又回到湖中栖息。现在这种规律早没有了，专家分析认为人类采砂是主要原因。人类采砂的破坏性非常大，美国海洋与大气管理局的一名知名鲸类专家在看过鄱阳湖水面上近千艘千吨位的挖沙船后惊呼这是她一生中见到的最为严重的人为生态灾难。

而长江“黄金水道”中的船只之多令人瞠目，在一次对白鳍豚的考察中研究者发现，白天从宜昌道上海的单程路线上，共有19830艘交通船和1175只捕鱼船，平均每公里有12艘船只。航行船舶产生的水下噪声会明显干扰依靠声呐定位和摄食的长江豚类，不仅如此，它们还面临更直接的危险。曾有专家出示了一张白鳍豚的照片：它的整个头部被船只的螺旋桨切掉。媒体过去多次报道过长江豚类和中华鲟死亡事故，被证实大多遭螺旋桨打伤致死。最惨的是一次清理航道，爆炸夺去了4头白鳍豚的生命,其中有两头怀孕在身。除此之外，人类的一些活动也会无意间导致江豚等珍稀鱼类的死亡，据世界自然基金会提供的资料，2004年湖南省岳阳市为迎接全国血吸虫病防治工作会议的召开，在洞庭湖区投放了约5000吨杀钉螺药剂，导致一个月内死亡6头江豚。

滥捕滥捞导致鱼类锐减

长江水域面积占全国淡水面