湿地破坏的主要直接原因是基础设施建设、土地开垦、引水、富营养化、污染、过度捕捞、过度利用以及外来物种的引入，主要间接原因是人口增长和经济发展加快。这并非问题的全部，更为根本性的原因当是，湿地保护缺乏立法和制度上的保障。

农民造田耕地：仅浙江4年就造田57万亩

早在2005年，佳木斯市审计局在进行林业专项资金审计时发现非法开垦湿地4047公顷。以浙江为例，根据《浙江省滩涂围垦管理条例》，滩涂的宜农宜建开发被明确鼓励。在2010年初浙江省围垦工作会议上，当地官方这样总结：“围垦的贡献在浙江是可歌可泣的。仅‘十一五’以来的4年，我省就圈围了47万亩……”事实上福建、江苏等都有这样的规定。有时甚至规定开垦一亩滩涂给予高达6000元的补助。很多地方直接把海边的小山或者高地炸平，然后将土石填到前面向海洋过渡的滩涂湿地上，导致漫长的海岸线上很多宽阔的滩涂湿地永久性地消失。

渔民过度捕捞渔：灭绝性捕捞加速滩涂生态退化

国家林业局的调查表明我国323处受监测的重要湿地中40.7%的湖泊、26.4%的海岸湿地和19.8%的沼泽受到过度捕捞的威胁。很多内陆湖泊型湿地都分块承包给了周围的农民，但是很多承包人在捕捞时大鱼小鱼一律都不放过，因为大量的小鱼小虾都被用做养貂、养貉的饲料。现在很多渔民的船越造越大渔网越来越密，将海岸滩涂相连的很多近海鱼虾都打得干干净净，因此这种破坏性的捕捞几乎是给它们带来了灭顶之灾。

养殖污染破坏：养海参用抗生素毒害其他海生物

由于沿海淡水严重缺乏，滩涂改造成耕地成本高且效益低，滩涂成为人工养殖海参的最佳场所。由于国内海参需求旺盛，在渤海湾和黄海中国海岸线北部大量养殖海参。有数据显示2010年对渤海湾一段40多公里的海岸线进行海参养殖的样本调查结果显示，这段海岸线上就有1010个海参养殖场，平均每个养殖场的面积都在70亩上下。而海参养殖从幼苗开始到出产一直都需要用药，对近海生态的破坏尤为严重，它排放的污染物几乎是虾类贝类等物的数十倍，另外也把贝类等大量其他的海上生物杀死。

法律和管理缺陷：两者都存在空白和漏洞

从2007年开始，国家林业局正式组建了湿地保护管理中心还成立了由国家林业局、外交部、国家发展改革委员会等16个部门组成的中国履行《湿地公约》国家委员会。另外近些年来，各省、自治区的林业部还出台了地方湿地保护条例，但是在管理和法律方面依旧存在空白和漏洞。比如目前我国湿地的主管部门是林业部，但是大量的滨海滩涂湿地却依旧归海洋部门管理，目前林业部门根本就插不上手。在一些内陆省份，林业部门插手湿地管理也常常受到农业、环保、渔政等部门的非议和责难。