绿色和平一直受到政府，工业界，甚至其它环境组织的非议。它被法国特别部队轰炸过，因非法侵入这  绿色和平组织与捕鲸船对峙一类小罪被逮捕过。组织的管理机制和它使用的非暴力直接行动（某些被认为是非法的社会扰乱行为：例如示威者用锁链将自己和雀巢公司的货车锁住，阻塞其工厂）是受争议的主要来源。另一方面，也有人觉得绿色和平太过主流化。海洋守护者领袖Paul Watson曾经称之为“环保运动的雅芳小姐”，一位它们逐家逐户的筹款是依赖于媒体故意曝光的配合，媒体总是把绿色和平的名字放在首页以增加其曝光度。
　
 　有时，绿色和平更为达到目的而渲染夸大。1975年秋天，绿色和平带着记者团去拍摄爱斯基摩人猎取海豹的“残酷镜头”。绿色行动组织的时任总裁罗勃特·亨特曾指“如果不禁猎，格陵兰海豹将在五年内绝种。”在新闻媒体炒作、欧美电影明星和政治人物支持下，1983年欧洲议会在压力下宣布禁止幼豹皮在欧洲出售，令整个海豹的皮毛市场崩溃。但加拿大野生动物基金会会长说：“我们并不担心格陵兰海豹会绝种。”受委托调查的人道机构，也发现猎杀海豹的方法并非不人道。加拿大北极圈的猎人因为断了生计，11年内有152人自杀。

 　　两位绿色和平的批评家分别是：冰岛电影摄制者马格努斯·格维兹蒙兹松（Magnus Gudmundsson）和帕特里克·摩尔。格维兹蒙兹松是支持捕鲸的纪录片“在北方极地生存”的导演，他把焦点集中于反捕鲸和捕海豹所带来的社会影响。摩尔是前国际绿色和平主席，主要针对保护英国哥伦比亚森林的斗争。 绿色和平的支持者说，格维兹蒙兹松和摩尔像许多批评家一样，都是接受了相关工业界的可观报酬。有时候，某一运动的科学或事实基础备受非议，特别是Brent Spar石油平台事件。在该事件中，绿色和平地进行了一次成功的斗争，他们占领了Brent Spar并实现了联合抵制，迫使平台的所有者英荷皇家壳牌拆除了平台而不是在上面钻空。后来，人们普遍认为从环保的角度来看，Shell也有权在那里钻空。绿色和平片面地把事件放在油量和在结构上可能遗留的未经证实的污染上。

 　　2003年9月，Public Interest Watch(PIW)向国内税收部控诉，称绿色和平的捐税收入是不准确和违反法律的。PIW称，绿色和平以非营利捐赠名义代替慈善和教育用途。PIW希望IRS对这宗控诉展开调查。绿色和平否认这一控诉并要求PIW透露它的基金会成员，PIW执行理事Mike Hardiman拒绝了这一要求。绿色和平的慈善组织身份从1989年开始在加拿大被废除。2006年3月，方舟子因315消费者权益保护日为北京科技报撰文，质疑该组织反对转基因食品的研究是在借环境保护之名，行阻碍科学之实。

 　　壬基酚是一种人造化学品，具可在食物链中蓄积，是一种荷尔蒙干扰物。全氟化合物也是人造化学品，也是荷尔蒙干扰物，且很难被降解，被广泛用于纺织品的防水、防油及防污处理。绿色和平检测显示，污水样本中全氟化合物的浓度均高于其在地表水中的浓度。尤其是全氟辛酸(PFOA)和全氟辛烷磺酸(PFOS)。PFOA和PFOS对啮齿动物和猴子的肝脏产生不良影响。